Eduardo, Camila,
No intuito de adicionar, aqui tivemos o mesmo problema, porém somente para a SEFAZ de SP. A mesma está rejeitando o NCM 00000000.
Agora para a SEFAZ do RS que contempla o estado do RJ, está validando normalmente.
Conseguimos verificar que o pacote de liberação dos schemas para SEFAZ SP está uma versão anterior, ou seja, provavelmente não está contemplando a regra do NCM 00000000.
A versão de SP está como PL006t, e para o RJ (RS) está PL006v.